火红版口袋妖怪的技能系统延续了系列经典设计，技能分为物理攻击、特殊攻击和变化类三大类型，每种技能都有明确的属性分类和威力值设定。物理攻击如一字斩、劲力等依赖攻击力数值，而特殊攻击如高压水炮、精神干扰则取决于特攻数值。变化类技能不造成直接伤害，但能改变战斗状态，例如集气可提升暴击率。技能学习方式多样，包括等级提升、技能机器（TM/HM）和定点教学，其中HM技能如冲浪术、飞空术还具备地图探索功能。技能属性之间存在克制关系，合理搭配属性技能是战斗策略的核心。
技能威力与命中率的平衡设计是火红版的显著特点。高威力技能如暴烈燃烧（火系）或硬化植物（草系）往往伴随较低命中率或负面效果，而稳定技能如火花、水枪虽威力普通但命中可靠。部分技能具有独特机制，例如气合拳需要蓄力一回合但威力翻倍，神鸟作为火焰鸟专属技能拥有飞行系最高威力。技能机器可重复使用且能传授给多个宝可梦，但HM技能一旦学习就无法遗忘，需通过特定NPC解除。七岛的特殊教学点还能提供初始御三家的专属终极技能，这些技能通常具有动画特效和特殊属性加成。
技能获取途径呈现出明显的阶段性分布。游戏初期通过剧情可获得基础技能如一字斩（圣安奴号船长赠送）和闪光（收集10种宝可梦后获得），中期在野生原野区深处取得冲浪术，后期则能学习高压水炮等高级技能。稀有技能需要通过特殊方式获取，例如游戏厅代币兑换的钢铁尾巴、影子球，或是完成特定剧情后解锁的闪电（招式机25）。不同宝可梦存在技能池差异，御三家最终进化形态能习得专属技能，而传说宝可梦如超梦则拥有精神破坏等独特技能，这些技能往往能突破常规的属性克制规则。
合理的技能配比应兼顾属性覆盖面和PP值管理，通常建议每个宝可梦配备2个本系技能（享受属性一致加成）和2个补盲技能。状态类技能如催眠粉在捕捉野生宝可梦时效果显著，而吼叫等强制换场技能在对战设施中具有战术价值。技能机器01气合拳、29精神干扰等被公认为必学技能，因其能有效应对多种战斗情境。后期挑战联盟时，队伍中需要配置能破除强化（如黑雾）和应对天气战术的技能，这些高阶技巧需要玩家深入理解技能互动机制。
二周目开启后，通过岛屿调查任务可获得强化版技能教学，如御三家的终极技能暴烈燃烧（火系）、高压水炮（水系）和硬化植物（草系）。通信进化宝可梦能学习特殊技能组合，而版本限定技能如火红版独占的火焰冲锋增加了收集要素。技能回忆功能的引入允许重新学习遗忘的等级技能，但需要消耗心之鳞片。部分技能如飞空术兼具战斗与地图移动功能，这种设计大幅提升了游戏流程的流畅度，也使技能选择需要考虑实用性与战斗效能的平衡。
